Il 3 dicembre 1962 fu inaugurata la nuova esposizione del museo nella sede di via Vittoria. Per la prima volta in questa sede fu mostrata al pubblico anche parte della raccolta che l'accademico Gioacchino Pasqualini aveva appena donato all'Accademia. Si trattava di circa cinquanta strumenti e diversi accessori di liuteria, la "sezione di strumenti arcaici e antichi" della collezione che il violinista aveva messo insieme negli anni grazie alla sua fervente attività in ambito musicale, didattico, scientifico e liutario, oltre che ai suoi numerosi contatti con il mondo del commercio e del collezionismo.

Proprio Pasqualini fu il principale protagonista della ripresa dell'attività del museo. Incaricato di riordinarlo nel 1960, egli riuscì a ricostruirne le vicende, a recuperare gli strumenti che si trovavano in deposito presso il Conservatorio fin da quando era Liceo musicale dell'Accademia e a far restaurare gli strumenti più degradati in vista dell'esposizione della fine del 1962.

L'ultima iniziativa pubblica del museo legata a Pasqualini fu la mostra organizzata insieme all'Associazione di Via del Babuino circa un anno più tardi. Gran parte degli strumenti della collezione fu esposta nelle vetrine dei negozi antiquari lungo l'omonima strada per dieci giorni - dal 9 al 19 ottobre 1963 - e ne fu pubblicato un piccolo catalogo a cura di Lucio Del Re.

Dopo questa mostra gli strumenti furono trasferiti nella sede di via della Conciliazione dove restarono visibili solo a richiesta. L'attività del museo diminuì notevolmente, tanto che una ventina di anni più tardi fu anche ipotizzata la cessione dell'intera collezione in deposito al Museo Nazionale degli Strumenti Musicali, ai fini di "una maggiore utilizzazione di questo cospicuo patrimonio", un progetto poi abbandonato.