Il percorso che si snoda tra la galleria espositiva e le altre sale accompagna il visitatore nella conoscenza dei pezzi più preziosi e significativi della collezione, disposti in gruppi dalle forme e dalle caratteristiche costruttive simili.

Nella prima sezione, dedicata alla liuteria a pizzico e ad arco, la parte prevalente della collezione, "gusci, fasce e ricci" si dipanano e si intrecciano a coprire soprattutto le grandi tradizioni, europea ed asiatica, con strumenti multiformi per modelli, materiali, tecniche e stili esecutivi, repertori musicali. Lo stesso accade per gli strumenti a fiato o per le percussioni, in un costruttivo e continuo confronto tra tecniche e culture musicali.

La visione multiculturale creata dall'esposizione, evitando gerarchie di valore, consente al visitatore di percepire ciascuno strumento come centro di molteplici e significative relazioni con altri strumenti vicini o lontani e di cogliere la ricchezza delle variazioni tipologiche nel raffronto tra di essi, in quanto espressione di tradizioni colte e popolari, europee ed extraeuropee, oppure di più localizzate appartenenze etnico-culturali.

Alla fine della galleria è possibile vedere un laboratorio di liuteria attivo, dove spesso si trovano all'opera i liutai che collaborano con il museo. Accanto e sopra il loro banco di lavoro è allestita una sezione storica con gli attrezzi provenienti dal laboratorio di uno dei maggiori liutai del Novecento, Dante Paolo Regazzoni.

Lo spazio Forum, spesso utilizzato per lezioni-concerto e conferenze, ospita anche le mostre temporanee e due postazioni dalle quali è possibile consultare il catalogo della collezione e il sito web, dove gli strumenti in esposizione nel museo possono anche essere esplorati seguendo altri filoni tematici, che creano percorsi diversi rispetto all'andamento lineare della galleria.

Gli strumenti musicali, infatti, sono spesso in grado di rivelare indizi preziosi per la ricostruzione di un momento storico o di una tradizione culturale, anche al di là del loro valore come singoli oggetti. Così è possibile accostarli a ricostruire i nuclei della raccolta e conoscere meglio alcuni personaggi della storia dell'Accademia e della vita musicale e collezionistica romana; oppure si possono approfondire le peculiarità delle diverse tradizioni musicali secondo l'area geografica da cui provengono gli strumenti e il periodo in cui sono stati costruiti.